陣發性睡眠性血紅蛋白尿症的併發症有血栓形成、貧血性心臟病、腎功能不全、感染等。
1. 血栓形成：是較為常見且嚴重的併發症，由於紅細胞膜缺陷，血液處於高凝狀態，易在肝靜脈、門靜脈、腸系膜靜脈等多處形成血栓，可引發相應部位的症狀，如肝靜脈血栓可導致布加綜合徵，出現肝大、腹水等表現。
2. 貧血性心臟病：長期慢性溶血導致嚴重貧血，心臟為了滿足機體對氧氣的需求，會代償性增大，心肌肥厚，最終可引發貧血性心臟病，出現心悸、氣短、呼吸困難等心功能不全症狀。
3. 腎功能不全：陣發性睡眠性血紅蛋白尿症患者反復發生血紅蛋白尿，血紅蛋白在腎小管內沈積，可損害腎小管，影響腎臟正常功能，逐漸發展可導致腎功能不全，出現少尿、無尿、水腫、血肌酐升高等表現。
4. 感染：患者因長期貧血、免疫力低下，容易受到各種病原體侵襲，發生感染，常見如呼吸道感染、泌尿系統感染等，感染會進一步加重患者病情，影響身體恢復。
日常要保持規律作息，避免勞累，保證充足睡眠，讓身體得到充分休息。飲食上多攝入富含營養且易消化的食物，增強身體抵抗力。避免接觸可能導致感染的危險因素，如注意個人衛生、避免前往人員密集場所等。定期到醫院復查血常規、肝腎功能等指標，以便及時發現問題並調整治療方案。
