性病性淋巴肉芽腫的病程通常分為早期、中期、晚期等。
1. 早期：此階段主要表現為生殖器部位出現初瘡，常為單個或多個小丘疹、水皰，之後迅速破潰形成無痛性潰瘍，直徑一般在1-3毫米，多見於男性陰莖冠狀溝、龜頭、包皮及女性大小陰唇、陰道前庭、尿道口周圍等部位，數天後可自行愈合，不留瘢痕。
2. 中期：在初瘡出現1-4周後，腹股溝淋巴結開始腫大，稱為第四性病橫痃。腫大的淋巴結多為單側，也可雙側，開始孤立、散在，質地較硬，有壓痛，之後逐漸融合成塊，與周圍組織粘連，表面皮膚呈紫紅色，可破潰形成瘻管，排出膿性或血性分泌物，數周或數月後可愈合，但會留下瘢痕。
3. 晚期：晚期病變可累及全身多個系統。由於長期慢性炎症，可導致生殖器象皮腫，多見於女性大小陰唇、陰蒂，男性陰莖、陰囊等部位，表現為皮膚增厚、粗糙，呈疣狀或結節狀，嚴重影響外觀及功能。還可出現直腸狹窄，患者會有便秘、腹痛等症狀，嚴重時可出現腸梗阻。少數患者可發生尿道瘻、陰道瘻等併發症。
在患病期間，應避免性行為，防止疾病傳播給他人。要保持患病部位清潔乾燥，避免搔抓，防止繼發感染。按照醫生的治療方案，按時足量用藥，不要自行停藥或更改劑量。治療後需定期復查，以便及時瞭解病情的恢復情況。若出現病情變化或新的症狀，應及時就醫。
