眼睛里有黑痣應根據先天發育異常、結膜色素沈著、鞏膜色素斑、眼部炎症刺激、外傷等病因治療，可採取的方法有觀察隨訪、藥物治療、手術治療等。
1. 先天發育異常：在胚胎發育過程中，眼部組織的色素細胞異常聚集或分布，就可能形成黑痣。這是較為常見的情況，多數對視力等無影響。一般無需特殊處理，定期前往眼科進行檢查，觀察黑痣大小、形態、顏色等有無變化即可。若黑痣短期內出現明顯變化，如突然增大、顏色改變、表面破潰等，可能需手術切除並做病理檢查。
2. 結膜色素沈著：長期受到紫外線照射、風沙刺激等，會導致結膜組織內色素沈著形成類似黑痣的表現。日常要注意做好眼部防護，如佩戴太陽鏡等。若覺得影響外觀，可在醫生評估後，考慮手術切除。藥物方面，可遵醫囑使用玻璃酸鈉滴眼液、小牛血去蛋白提取物眼用凝膠、重組人表皮生長因子滴眼液，促進眼部組織修復。
3. 鞏膜色素斑：多因鞏膜較薄，透見其下葡萄膜的顏色而表現為類似黑痣。通常不會對眼睛健康造成危害，一般不需要特殊治療，定期復查就行。平時要注意合理用眼，避免過度用眼導致眼疲勞，加重眼部不適。
4. 眼部炎症刺激：如結膜炎、角膜炎等長期炎症刺激，可能引起局部組織色素沈著。針對不同類型的炎症，需使用相應藥物。細菌感染引起的，可遵醫囑用鹽酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、氯霉素眼膏；病毒感染導致的，常用更昔洛韋眼用凝膠、阿昔洛韋滴眼液、重組人干擾素α2b滴眼液。炎症控制後，觀察色素沈著變化，嚴重時可能需手術。
5. 外傷：眼部受到撞擊等外傷後，局部組織修復過程中可能出現色素沈著形成黑痣樣改變。受傷後應及時就醫處理傷口。若外傷後形成的色素沈著長期不消退且影響外觀，可在醫生指導下考慮手術去除。術後要注意保持眼部清潔，避免感染。
日常要注意保持眼部清潔衛生，避免過度用眼，減少眼部疲勞。養成良好的生活習慣，規律作息，均衡飲食，多吃富含維生素的食物。按照要求定期進行眼部檢查，以便及時發現問題並處理。
