男性生殖器皰疹常用藥有阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋、膦甲酸鈉、西多福韋等。
1. 阿昔洛韋：是治療生殖器皰疹的經典藥物，它能抑制病毒DNA多聚酶，從而阻礙病毒DNA的合成，達到抑制病毒複製的目的。口服阿昔洛韋可用於初發生殖器皰疹的治療，一般按一定劑量和療程服用，能有效減輕症狀、縮短病程。對於頻繁復發的患者，長期小劑量口服阿昔洛韋還可降低復發頻率。外用阿昔洛韋乳膏也可輔助治療，直接塗抹於患處，能緩解局部症狀。
2. 伐昔洛韋：是阿昔洛韋的前體藥物，口服後在體內迅速轉化為阿昔洛韋發揮作用。其生物利用度比阿昔洛韋高，服用更方便。在治療生殖器皰疹方面，伐昔洛韋的療效與阿昔洛韋相似，但在用藥次數上可能相對更少，患者的依從性更好，同樣可用於初發和復發感染的治療。
3. 泛昔洛韋：對單純皰疹病毒有良好的抑製作用，通過抑制病毒的DNA合成來控制病情。它在體內的代謝產物噴昔洛韋能更有效地抑制病毒複製。泛昔洛韋在治療生殖器皰疹時，能較快緩解症狀，減輕患者痛苦，對於初發和復發性生殖器皰疹都有一定的治療效果。
4. 膦甲酸鈉：主要用於對阿昔洛韋耐藥的單純皰疹病毒感染。它通過抑制病毒DNA多聚酶的焦磷酸結合部位，阻止病毒核酸合成。當患者使用阿昔洛韋等常規藥物治療效果不佳時，膦甲酸鈉可作為替代藥物，通過靜脈滴注的方式給藥，以控制病情發展。
5. 西多福韋：是一種新型的抗病毒藥物，對多種DNA病毒有抑製作用，包括單純皰疹病毒。它能抑制病毒的複製和轉錄過程。西多福韋可用於治療對其他抗病毒藥物耐藥的嚴重生殖器皰疹患者，一般通過局部注射或靜脈給藥，但由於其可能存在一定的不良反應，使用相對較少。
治療男性生殖器皰疹時，患者應嚴格按照醫生的建議用藥，不要自行增減劑量或停藥。同時要注意保持患處清潔乾燥，避免性生活，防止交叉感染。治療期間要注意休息，加強營養，增強自身免疫力，以促進病情的恢復。
