先天性巨結腸的治療方法主要有保守治療、擴肛治療、灌腸治療、藥物治療、手術治療等。
1. 保守治療：對於症狀較輕的先天性巨結腸患兒，可先採取保守治療。通過調整飲食結構，增加膳食纖維攝入，促進腸道蠕動。同時，養成良好的排便習慣，定時排便，利用生理反射促進排便。因為合理飲食和規律排便有助於改善腸道功能，減輕因巨結腸導致的排便障礙，在一定程度上緩解症狀，為後續治療爭取時間。
2. 擴肛治療：針對先天性巨結腸，擴肛是一種常用方法。使用合適的擴肛器，定期緩慢擴張肛門，以增加肛門括約肌的彈性和直徑。這能改善因肛門狹窄或括約肌痙攣導致的排便困難，使糞便更易排出，減少腸道內糞便的積聚，緩解巨結腸引起的腹脹、便秘等問題，促進腸道功能的恢復。
3. 灌腸治療：灌腸治療對先天性巨結腸有一定效果。採用溫鹽水或特製的灌腸液，經肛門緩慢注入腸道，刺激腸道蠕動，幫助排出積糞。這能直接清理腸道內的乾結糞便，減輕腸道負擔，改善腸道的梗阻狀況，緩解因糞便堆積導致的腸管擴張和炎症，為腸道功能的恢復創造條件。
4. 藥物治療：可使用開塞露、乳果糖口服液、聚乙二醇電解質散等藥物。開塞露能潤滑腸道並刺激腸壁，引起排便反射；乳果糖口服液可調節腸道微生態，增加腸道水分，促進糞便排出；聚乙二醇電解質散能有效軟化糞便，增加糞便體積，促進腸道蠕動。這些藥物遵醫囑使用，可改善先天性巨結腸患兒的便秘症狀，維持腸道正常的排便功能。
5. 手術治療：對於病情嚴重、保守治療效果不佳的先天性巨結腸患者，需進行手術治療。手術方式包括根治性手術，切除病變的腸段，恢復腸道的正常結構和功能。因為病變腸段缺乏神經節細胞，無法正常蠕動和排便，切除病變腸段後，可重建正常的腸道傳輸功能，從根本上解決先天性巨結腸的問題。
治療過程中要嚴格按照醫生要求進行各項操作和用藥，定期帶患兒復查。根據恢復情況，適時調整治療方案。若出現異常症狀，如發熱、腹痛、便血等，應及時就醫。
