不存在腸化生治療最好的方法。腸化生是指胃黏膜上皮細胞被腸型上皮細胞所取代的現象，治療需綜合多方面因素，採取個體化方案。
一般治療很關鍵。調整生活方式和飲食習慣是基礎。要規律作息，避免熬夜，讓身體有良好的恢復環境。飲食上，避免食用辛辣、油膩、刺激性食物，減少對胃黏膜的刺激。同時，要戒煙戒酒，煙草中的尼古丁和酒精都會損害胃黏膜，加重腸化生。
藥物治療方面，若是幽門螺桿菌感染所致的腸化生，需進行根除治療。通常採用質子泵抑制劑、鉍劑和抗生素聯合使用，療程一般為 10 - 14 天。根除幽門螺桿菌可有效降低胃黏膜炎症，減緩腸化生的進展。對於有胃酸分泌過多症狀的患者，使用質子泵抑制劑或 H₂ 受體拮抗劑抑制胃酸分泌，減輕胃酸對胃黏膜的侵蝕。胃黏膜保護劑能在胃黏膜表面形成一層保護膜，促進胃黏膜修復。
對於症狀嚴重、藥物治療效果不佳，且存在高級別上皮內瘤變的患者，可能需考慮手術治療。但手術有一定風險，需謹慎評估。
治療過程中，要定期復查胃鏡和病理檢查，監測腸化生的變化情況。醫生會根據復查結果調整治療方案。同時，保持積極樂觀的心態也有助於病情恢復。患者要嚴格按照醫生制定的方案進行治療，不要自行增減藥量或停藥，以免影響治療效果。
