不存在治療手指關節疼痛最好最有效的方法，因為引起手指關節疼痛的原因多樣，治療需因病而異。
若是外傷導致的手指關節疼痛，在受傷初期，應及時進行冷敷，以減輕腫脹和疼痛。受傷 48 小時後，可改為熱敷，促進血液循環，加快淤血吸收。同時，要注意休息，避免受傷關節過度活動，必要時可使用繃帶或支具固定。
對於類風濕關節炎引發的手指關節疼痛，治療通常以藥物為主。抗風濕藥物如甲氨蝶呤、來氟米特等，能控制病情進展，緩解疼痛。非甾體抗炎藥像布洛芬、雙氯芬酸鈉等，可減輕炎症和疼痛症狀。患者還需注意關節保暖，適當進行康復鍛鍊，以保持關節功能。
手指關節的骨性關節炎也較為常見，多見於中老年人。症狀較輕時，可通過減少手部過度用力和勞損的活動來緩解。還可使用一些營養關節軟骨的藥物，如硫酸氨基葡萄糖。疼痛明顯時，可在醫生指導下外用止痛膏藥或口服止痛藥物。
痛風也可能致使手指關節疼痛。急性發作期，可使用秋水仙鹼、非甾體抗炎藥等緩解疼痛。緩解期則要控制血尿酸水平，通過飲食控制，減少高嘌呤食物攝入，如動物內臟、海鮮等，必要時服用降尿酸藥物。
手指關節疼痛時，要避免自行盲目用藥或採用不恰當的治療方式。應及時就醫，明確病因後，在專業人員指導下規範治療，以獲得較好的治療效果，盡可能恢復手指關節的正常功能。
