不存在治療大腳趾灰指甲最好的辦法，因為治療方法需根據患者具體情況選擇，適合的才是好的。灰指甲醫學上稱為甲癬，是由皮膚癬菌侵犯甲板及甲下所引起的疾病。
藥物治療是常用手段。外用藥物方面，對於症狀較輕、病甲較少的情況適用。比如阿莫羅芬搽劑，它能在甲板表面形成一層保護膜，持續釋放藥物抑制真菌。使用時要先將病甲盡量銼薄，以利於藥物滲透，每周使用 1 - 2 次，堅持數月。口服藥物常用於多個指甲受累或外用藥物效果不佳時，像伊曲康唑、特比萘芬等。伊曲康唑一般採用衝擊療法，即每天服用一定劑量，連服 1 周，停 3 周為一個療程，通常需 2 - 3 個療程；特比萘芬則需每日口服，療程大概 6 - 12 周。口服藥可能有一定副作用，需定期監測肝功能。
手術拔甲是一種較為直接的方式，但相對痛苦且恢復慢。適用於藥物治療無效，或病甲嚴重增厚、變形，影響日常生活的情況。在局部麻醉下將病甲拔除，後續新甲會逐漸生長。不過術後要注意傷口護理，防止感染。
激光治療是新興的治療手段，通過特定波長的激光能量破壞真菌，具有創傷小、恢復快的優點。但可能需要多次治療，費用相對較高。
治療大腳趾灰指甲期間，要保持腳部清潔乾燥，勤換鞋襪，避免與他人共用拖鞋、腳盆等生活用品，防止交叉感染。同時，增強自身免疫力，均衡飲食、適當運動，為新甲生長創造良好條件。
