氯喹主要用於抗瘧疾、免疫調節、抗病毒、抗寄生蟲感染等。
1. 抗瘧疾：氯喹通過干擾瘧原蟲消化血紅蛋白的過程，抑制其生長繁殖，對間日瘧、三日瘧及惡性瘧的紅內期原蟲有殺滅作用，常用於瘧疾急性發作的治療和預防，尤其適用於氯喹敏感地區。
2. 免疫調節：氯喹可抑制抗原呈遞細胞功能，降低自身抗體產生，臨床上用於治療類風濕性關節炎、系統性紅斑狼瘡等自身免疫性疾病，通常需長期小劑量服用以維持療效。
3. 抗病毒：體外實驗顯示氯喹能改變宿主細胞pH值，干擾病毒與細胞膜融合，曾探索用於HIV、登革熱及冠狀病毒感染的治療，但臨床療效尚未得到充分證據支持。
4. 抗寄生蟲感染：氯喹對腸外阿米巴原蟲有較強殺滅作用，是治療阿米巴肝膿腫的首選藥物，對肺吸蟲病、華支睪吸蟲病等寄生蟲感染也有輔助治療價值。
使用氯喹需嚴格遵循醫囑，定期進行眼科檢查以監測視網膜病變風險。心血管疾病患者應注意心電圖監測，避免QT間期延長引發心律失常。妊娠期婦女及G6PD缺乏症患者應謹慎使用。藥物儲存需避光防潮，避免兒童誤服。出現視力模糊、肌無力等不良反應應及時停藥就醫，與其他藥物聯用時需特別注意相互作用可能性。
