不存在治療腸潰瘍最有療效的藥物。腸潰瘍的治療需綜合多方面因素，根據患者具體病情和個體差異選擇合適藥物。
對於感染性腸潰瘍，若是細菌感染，常用抗生素治療，如諾氟沙星、環丙沙星等，可有效抑制和殺滅細菌，控制感染，促進潰瘍愈合。若是由結核桿菌引起的腸結核潰瘍，則需使用抗結核藥物，像異煙肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等聯合治療，遵循早期、規律、全程、適量、聯合的原則，以達到徹底治癒的目的。
非感染性腸潰瘍中，炎症性腸病較為常見。潰瘍性結腸炎常用氨基水楊酸制劑，如柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等，可減輕腸道炎症反應。病情嚴重時，可能需使用糖皮質激素，如潑尼松、甲潑尼龍等，快速控制炎症。而克羅恩病的治療藥物與潰瘍性結腸炎有相似之處，除上述藥物外，還可能會用到免疫抑制劑，如硫唑嘌呤、甲氨蝶呤等，調節免疫系統，減少對腸道組織的攻擊。
為緩解腸潰瘍患者的腹痛症狀，可使用一些解痙藥物，如匹維溴銨、曲美布汀等，調節腸道平滑肌功能，減輕痙攣。同時，使用黏膜保護劑，如復方谷氨酰胺腸溶膠囊等，能促進腸道黏膜修復，增強腸道黏膜屏障功能。
治療腸潰瘍的藥物多樣，具體用藥需醫生根據患者詳細病情、身體狀況等綜合考量後確定。患者要嚴格按醫生要求用藥，不能自行增減藥量或停藥，同時保持健康的生活方式和飲食習慣，以助於病情恢復。
