不存在治療尿道感染最有效的藥物。尿道感染的治療藥物選擇需綜合多方面因素，不同情況適合的藥物有所不同。
對於常見的細菌感染引發的尿道感染，常用抗生素治療。比如大腸桿菌感染，喹諾酮類抗生素像左氧氟沙星，對其有較好的抗菌作用，能有效抑制細菌生長繁殖，緩解尿道感染症狀。頭孢菌素類如頭孢克肟也較為常用，安全性高，抗菌譜廣，對多種革蘭氏陰性菌和陽性菌都有效果。
若是衣原體、支原體感染導致的尿道感染，多選用四環素類、大環內酯類抗生素。例如多西環素屬於四環素類，能阻礙細菌蛋白質合成，從而達到治療目的；阿奇霉素作為大環內酯類代表藥物，對衣原體、支原體有良好的抗菌活性，服用方便，療效確切。
在治療尿道感染時，還會根據病情配合一些輔助藥物。比如出現尿頻、尿急、尿痛等症狀明顯時，可使用碳酸氫鈉等鹼性藥物，鹼化尿液，減輕尿路刺激症狀。
治療尿道感染要依據病原體類型、患者個體情況等合理選擇藥物。自行隨意用藥可能導致細菌耐藥，使病情反復或加重。所以，一旦懷疑尿道感染，應及時就醫，進行尿常規、尿培養等相關檢查，明確病因後，在專業醫生的指導下規範用藥，足量、足療程治療，以確保徹底治癒尿道感染，防止復發。
