男性生殖炎症常用的藥物有抗生素、抗真菌藥、抗病毒藥、非甾體抗炎藥、中藥等。
1. 抗生素：是治療男性生殖炎症最常用的藥物，對於細菌感染引起的附睪炎、前列腺炎、尿道炎等有很好的療效。比如頭孢菌素類的頭孢克肟、頭孢呋辛等，能抑制細菌細胞壁的合成從而達到殺菌作用；喹諾酮類的左氧氟沙星、環丙沙星等，通過抑制細菌DNA旋轉酶的活性，阻礙細菌DNA複製而達到殺菌效果。不同的感染部位和細菌類型，選擇的抗生素種類會有所差異。
2. 抗真菌藥：當男性生殖系統受到真菌感染，如霉菌性龜頭炎等，就需要使用抗真菌藥物。常見的有克霉唑、咪康唑等外用制劑，可直接塗抹在感染部位，抑制真菌細胞膜的合成，從而發揮抗真菌作用。對於較為嚴重的全身性真菌感染，可能會使用口服的抗真菌藥，如伊曲康唑、氟康唑等，通過抑制真菌細胞色素P450依賴酶，阻礙真菌細胞膜麥角固醇的合成，影響真菌細胞膜的穩定性，達到抗菌目的。
3. 抗病毒藥：如果是病毒感染導致的生殖炎症，像生殖器皰疹等，就需要用到抗病毒藥物。阿昔洛韋是常用的抗病毒藥，它能在病毒感染的細胞內轉化為三磷酸無環鳥苷，對病毒DNA多聚酶產生抑製作用，阻礙病毒DNA的合成。伐昔洛韋是阿昔洛韋的前體藥物，口服後吸收迅速並在體內很快轉化為阿昔洛韋，從而發揮抗病毒作用。
4. 非甾體抗炎藥：對於一些非感染性的男性生殖炎症，或者感染性炎症伴有疼痛、腫脹等症狀時，非甾體抗炎藥能起到緩解作用。例如布洛芬，通過抑制環氧化酶COX的活性，減少前列腺素合成，從而減輕炎症反應和疼痛感受。雙氯芬酸鈉也有類似作用機制，能有效緩解生殖器官的疼痛、腫脹等不適症狀。
5. 中藥：部分中藥也可用於輔助治療男性生殖炎症。一些具有清熱解毒、利濕通淋功效的中藥，如金銀花、連翹、苦參等，可通過調節人體的免疫功能、抗炎消腫等作用，輔助緩解生殖炎症症狀。一些中藥復方制劑在臨床也有應用，它們通過多成分、多靶點的作用機制，對男性生殖炎症起到綜合治療的效果。
在使用藥物治療男性生殖炎症時，要嚴格按照醫生的處方用藥，不要自行增減藥量或停藥。同時，治療期間要注意個人衛生，保持生殖器官清潔，避免性生活，防止交叉感染。飲食上盡量避免辛辣、刺激性食物，戒煙戒酒，多休息，保證充足的睡眠，以利於身體恢復。
