生殖器疣應根據性傳播、間接接觸、母嬰傳播、自身接種、免疫功能低下等病因治療，可採取的方法有藥物治療、物理治療、手術治療等。
1. 性傳播：與感染人乳頭瘤病毒HPV的患者發生性行為，病毒可通過皮膚黏膜微小破損處進入人體並感染。避免高危性行為，正確使用安全套可降低感染風險。治療上，可遵醫囑外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、氟尿嘧啶軟膏，同時可配合激光、冷凍等物理方式去除疣體。
2. 間接接觸：使用被HPV污染的毛巾、浴巾、馬桶座圈等物品而感染。注意個人衛生，不使用公共物品，定期對生活用品消毒。對於疣體較小的情況，可遵醫囑使用重組人干擾素α2b凝膠、維A酸乳膏、酞丁安搽劑，也可選擇光動力治療。
3. 母嬰傳播：孕婦患有生殖器疣，分娩時胎兒經過產道可被感染。孕期做好檢查，若發現疣體較大影響分娩，可考慮剖宮產。產後對於新生兒疣體，可在醫生指導下使用中藥外洗，如馬齒莧、大青葉、板藍根等煎水清洗，必要時採取溫和的物理治療。
4. 自身接種：身體其他部位有疣體，搔抓後再接觸生殖器部位導致病毒接種。避免搔抓疣體，保持皮膚清潔。可遵醫囑口服轉移因子膠囊、胸腺肽腸溶片、匹多莫德口服液增強免疫力，輔助疣體消除。
5. 免疫功能低下：如長期使用免疫抑制劑、患有慢性疾病等導致身體免疫力下降，易感染HPV。積極治療基礎疾病，適當運動增強體質。可在醫生指導下進行免疫調節治療，如注射卡介菌多糖核酸注射液、薄芝糖肽注射液等，同時結合物理方法去除疣體。
治療期間應保持良好生活習慣，避免性生活，防止交叉感染。定期復查，觀察疣體是否復發，以便及時調整治療方案。
