肺蛋白沈積症可能是遺傳因素、肺部感染、吸入有害物質、免疫功能異常、肺泡表面活性物質代謝異常等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有基因治療、抗感染治療、避免接觸有害物、調節免疫、促進表面活性物質代謝等。
1. 遺傳因素：部分肺蛋白沈積症由遺傳缺陷導致，使得肺泡表面活性物質代謝相關蛋白或脂質合成、轉運異常。對於這類患者，可在醫生評估後考慮進行基因治療，通過特定技術糾正遺傳缺陷。同時可配合使用氨溴索口服液、乙酰半胱氨酸泡騰片、福多司坦膠囊，遵醫囑用藥以促進痰液稀釋和排出，改善肺部功能。
2. 肺部感染：細菌、病毒等病原體感染肺部，引發炎症反應，干擾肺泡正常功能，可能誘發肺蛋白沈積症。針對不同病原體，細菌感染可使用阿莫西林膠囊、頭孢克肟分散片、阿奇霉素乾混懸劑，遵醫囑用藥抗感染；病毒感染可選用利巴韋林顆粒、阿昔洛韋片、磷酸奧司他韋膠囊，遵醫囑用藥抑制病毒複製，控制感染，緩解病情。
3. 吸入有害物質：長期吸入粉塵、化學氣體等有害物質，損傷肺泡上皮細胞，影響肺泡表面活性物質平衡，進而引發疾病。應盡快脫離有害環境，避免繼續接觸有害物質。可使用布地奈德氣霧劑、異丙托溴銨氣霧劑、沙丁胺醇氣霧劑，遵醫囑用藥減輕氣道炎症，緩解不適症狀。
4. 免疫功能異常：自身免疫系統紊亂，攻擊肺部組織，影響肺泡正常功能，導致蛋白沈積。可使用潑尼松片、環磷酰胺膠囊、硫唑嘌呤片，遵醫囑用藥調節免疫功能，抑制異常免疫反應。同時要注意監測藥物不良反應，定期復查相關指標。
5. 肺泡表面活性物質代謝異常：某些原因導致肺泡表面活性物質合成、分泌、清除失衡，造成蛋白在肺泡內沈積。可使用肺表面活性物質制劑如固爾蘇注射用牛肺表面活性劑、珂立蘇注射用豬肺磷脂、新沛注射用重組人肺表面活性物質，遵醫囑用藥補充外源性表面活性物質，改善肺泡功能。
治療期間要嚴格按醫生要求定期復查，包括胸部影像、肺功能等檢查，以便及時調整治療方案。生活中注意休息，避免勞累，加強營養，適度進行呼吸鍛鍊，如縮唇呼吸、腹式呼吸等，以促進肺功能恢復。
