泌尿系衣原體感染可能是性接觸傳播、間接接觸傳播、母嬰傳播、醫源性感染、自身免疫力低下等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有使用抗生素、注意個人衛生、避免交叉感染等。
1. 性接觸傳播：衣原體可通過性行為在人與人之間傳播，與感染衣原體的性伴侶進行無保護的性交，很容易被感染。可使用阿奇霉素片，一般頓服1g；多西環素片，每次0.1g，每日2次；米諾環素膠囊，首次劑量0.2g ，以後每12小時服用0.1g，均需遵醫囑用藥，同時治療期間避免性行為，性伴侶也需一同檢查治療。
2. 間接接觸傳播：接觸被衣原體污染的物品，如毛巾、浴巾、馬桶座圈等，也有感染風險。要注意個人衛生，不使用公共物品，對污染物品進行消毒處理，如煮沸或使用含氯消毒劑浸泡。若感染，可遵醫囑使用羅紅霉素膠囊，每次0.15g，每日2次；克拉霉素片，每次0.5g，每日2次；左氧氟沙星片，每次0.5g，每日1次。
3. 母嬰傳播：孕婦感染衣原體後，分娩時可傳染給新生兒。對於孕婦，若確診感染，可在醫生指導下使用紅霉素腸溶膠囊，每次0.5g，每日4次；阿莫西林膠囊，每次0.5g，每日3次；阿奇霉素乾混懸劑，按體重計算服用量，均需嚴格遵醫囑。產後密切觀察新生兒情況，必要時進行相應治療。
4. 醫源性感染：在醫療操作過程中，如導尿、膀胱鏡檢查等，若醫療器械消毒不徹底，可能導致衣原體感染。醫療機構要嚴格規範醫療器械消毒流程，患者若發生醫源性感染，可遵醫囑用環丙沙星片，每次0.5g，每日2次；諾氟沙星膠囊，每次0.4g，每日2次；司帕沙星片，每次0.1 - 0.3g，每日1次。
5. 自身免疫力低下：當身體免疫力下降時，抵御衣原體的能力減弱，易被感染。平時要加強鍛鍊，保證充足睡眠，均衡飲食來提高免疫力。若感染，可在醫生指導下使用四環素片，每次0.5g，每日4次；美滿霉素膠囊，每次0.1g，每日2次；交沙霉素片，每次0.4g，每日3次。
治療期間要保持良好生活習慣，規律作息，避免勞累，飲食清淡，多喝水多排尿，促進病菌排出。按療程足量用藥，定期復查，確保徹底治癒，防止復發。
