先天性巨輸尿管症可能是輸尿管末端肌肉結構發育異常、輸尿管膀胱連接部梗阻、神經功能異常、輸尿管壁先天性薄弱、遺傳因素等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有手術治療、藥物輔助等。
1. 輸尿管末端肌肉結構發育異常：輸尿管末端肌肉在胚胎發育過程中出現異常，致使輸尿管蠕動功能減弱，尿液排出受阻，進而引發巨輸尿管症。通常採取手術治療，如輸尿管裁剪術，通過切除多餘的輸尿管組織，恢復輸尿管正常的管徑和蠕動功能，促進尿液順利排出。
2. 輸尿管膀胱連接部梗阻：該部位出現梗阻，會導致尿液無法順暢從輸尿管進入膀胱，造成輸尿管內壓力升高，管腔擴張。可進行輸尿管膀胱再植術，重新建立輸尿管與膀胱的連接，解除梗阻，恢復尿液正常通路。
3. 神經功能異常：支配輸尿管的神經功能出現問題，影響輸尿管正常的蠕動和尿液傳輸，使得尿液在輸尿管內積聚，導致輸尿管擴張。可在術後配合藥物輔助治療，如甲鈷胺片，遵醫囑用藥，能營養神經；維生素B12片，促進神經功能恢復；谷維素片，調節自主神經功能，改善神經對輸尿管的支配。
4. 輸尿管壁先天性薄弱：輸尿管壁組織先天性發育薄弱，難以承受正常的尿液壓力，隨著時間推移，輸尿管逐漸擴張形成巨輸尿管症。一般需手術加固輸尿管壁或切除薄弱部分，重建輸尿管結構，保證尿液傳輸正常。
5. 遺傳因素：部分患者存在家族遺傳傾向，遺傳基因缺陷可能導致輸尿管發育異常。治療多根據具體病情選擇合適手術方式，如輸尿管整形術等，以糾正輸尿管形態和功能異常。
治療後要定期復查，觀察輸尿管恢復情況。日常注意休息，避免劇烈運動和重體力勞動，減少對輸尿管的壓力。飲食上多攝入富含營養且易消化的食物，增強身體抵抗力，促進恢復。
