肺泡蛋白沈積症可能是遺傳因素、環境因素、肺部感染、免疫系統異常、職業暴露等因素，需要針對病因治療，可採取的方法有基因治療、改善環境、抗感染、調節免疫、脫離暴露源等。
1. 遺傳因素：部分肺泡蛋白沈積症由遺傳缺陷導致，使得體內某些蛋白或酶的功能異常，影響肺泡表面活性物質的代謝。對於這類患者，可在醫生評估後考慮基因治療，通過特定技術糾正遺傳缺陷。同時可配合使用氨溴索口服液、乙酰半胱氨酸泡騰片、羧甲司坦片等藥物，促進痰液稀釋排出，遵醫囑用藥以改善症狀。
2. 環境因素：長期處於粉塵較多、空氣污染嚴重的環境中，可能誘發肺泡蛋白沈積症。應盡快脫離不良環境，轉移至空氣清新的地方生活工作。可使用布地奈德氣霧劑、異丙托溴銨氣霧劑、沙丁胺醇氣霧劑，遵醫囑用藥，減輕氣道炎症和痙攣，改善通氣功能。
3. 肺部感染：某些細菌、病毒或真菌等病原體感染肺部後，引發炎症反應，干擾肺泡正常功能，進而導致肺泡蛋白沈積症。積極進行抗感染治療，細菌感染可選用阿莫西林膠囊、頭孢克肟分散片、阿奇霉素片；病毒感染可使用利巴韋林顆粒、阿昔洛韋片、磷酸奧司他韋膠囊；真菌感染可應用氟康唑膠囊、伊曲康唑膠囊、伏立康唑片，均需遵醫囑用藥。
4. 免疫系統異常：自身免疫系統錯誤攻擊肺部組織，影響肺泡表面活性物質的清除和代謝。可使用糖皮質激素如潑尼松片、甲潑尼龍片、地塞米松片，遵醫囑調節免疫，抑制異常免疫反應。還可配合免疫抑制劑如環磷酰胺片、硫唑嘌呤片、嗎替麥考酚酯膠囊，遵醫囑使用以控制病情進展。
5. 職業暴露：長期接觸某些化學物質、金屬粉塵等職業因素，可能引發肺泡蛋白沈積症。需立即脫離相關職業暴露環境，避免繼續接觸有害物質。可通過支氣管肺泡灌洗術，清除肺泡內沈積的物質。同時可使用一些促進肺功能恢復的藥物如百令膠囊、金水寶膠囊、桉檸蒎腸溶軟膠囊，遵醫囑用藥改善症狀。
治療期間要注意休息，保證充足睡眠，讓身體得到充分恢復。飲食上多攝入富含營養且易消化的食物，增強身體抵抗力。按要求定期復查，以便醫生及時瞭解治療效果，調整治療方案。
