先天性肛門直腸畸形的外科治療原則包括恢復正常解剖結構、重建肛門功能、減少併發症等。
1. 恢復正常解剖結構：通過手術將移位或發育異常的直腸、肛門等結構恢復到正常位置，使腸道連續性得以重建，為後續正常生理功能的實現奠定基礎。
2. 重建肛門功能：注重肛門括約肌功能的修復與重建，盡可能恢復其控制排便的能力，提高患者術後的生活質量，減少大便失禁等情況的發生。
3. 減少併發症：在手術過程中及術後，採取各種措施預防和處理可能出現的併發症，如感染、吻合口漏等，降低併發症對患者身體的不良影響，促進患者順利康復。
治療過程中，需嚴格按照專業醫生制定的方案進行。術後要密切關注患者身體狀況，包括體溫、傷口愈合情況等。合理安排飲食，從易消化食物逐步過渡，避免增加腸道負擔。定期帶患者復查，以便醫生及時瞭解恢復情況，根據實際調整後續治療和護理措施，確保治療效果達到最佳。
