緊急避孕藥頭疼是由多種原因導致的後果，比如激素水平變化、過敏反應、偏頭痛等。
1.激素水平變化：緊急避孕藥的主要成分是左炔諾孕酮或米非司酮，這些藥物會使體內的激素水平迅速發生變化。服用後，激素水平的波動會影響身體的生理功能。例如，激素變化可能導致腦血管收縮或擴張，進而引發頭痛。頭痛的程度因人而異，可能是輕微的脹痛，也可能是比較嚴重的搏動性頭痛。
2.過敏反應：部分人可能對緊急避孕藥中的成分過敏，過敏反應會導致身體釋放組胺等化學物質，組胺可以使血管擴張，包括腦部的血管。血管擴張會對周圍的神經產生壓力，從而引發頭痛，還可能伴有其他症狀，如皮疹、瘙癢、呼吸困難等。
3.偏頭痛：對於有偏頭痛病史的人，緊急避孕藥引起的激素變化、壓力增加或者睡眠模式改變等因素都可能誘發偏頭痛。偏頭痛是一種複雜的神經血管性疾病，其發病機制涉及神經遞質的釋放、血管的異常擴張和收縮以及大腦神經的興奮性改變等。緊急避孕藥的成分可能幹擾了大腦正常的神經調節機制，觸發了偏頭痛的發作。一般是單側頭部的搏動性疼痛，可能伴有惡心、嘔吐、畏光、畏聲等症狀。
如果症狀較為嚴重，且影響日常生活，建議及時前往醫院就診，在醫生指導下進行相應處理。
