灌腸可能引起的副作用有腸道不適、腸道菌群失調、腸穿孔等。
1.腸道不適：灌腸過程中，肛管的插入以及灌腸液的刺激，可能會引起腸道痙攣，導致患者出現腹痛、腹脹等不適症狀。另外，若灌腸速度過快、壓力過大，還會使腸道蠕動異常，進一步加重不適感，一般灌腸結束後，稍作休息，症狀多可逐漸緩解。
2.腸道菌群失調：灌腸液可能會破壞腸道內原有的微生態平衡。正常情況下，腸道內有益菌與有害菌相互制約，維持腸道健康。頻繁灌腸或灌腸液選擇不當，如使用了刺激性強的消毒劑灌腸，會大量殺滅有益菌，有害菌趁機繁殖，引發腹瀉、便秘交替等腸道功能紊亂表現，影響腸道正常消化與吸收功能。
3.腸穿孔：操作不當，如肛管質地過硬、插入過深或用力過猛，或患者本身腸道存在病變，如腸道腫瘤、腸憩室等使腸壁變薄、脆弱時，灌腸過程中就有可能導致腸壁破裂穿孔。腸穿孔發生後，腸道內容物會流入腹腔，引發劇烈腹痛、腹肌緊張，伴有發熱、寒戰等感染症狀，需緊急手術治療。
若病情需要進行灌腸，務必選擇正規醫療機構，由專業醫護人員操作。灌腸前後，如出現上述任何不適症狀，應及時告知醫生，以便採取相應措施，避免病情惡化。
