非淋菌性尿道炎的治療方法主要有藥物治療、一般治療、局部治療、中醫治療、手術治療等。
1. 藥物治療：非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原體、生殖支原體、解脲脲原體和人型支原體等病原體感染引起，藥物治療可有效抑制或殺滅這些病原體。常用藥物有阿奇霉素片，它能阻礙細菌轉肽過程，抑制細菌蛋白質合成；多西環素膠囊，通過抑制細菌蛋白質合成發揮抗菌作用；左氧氟沙星片，抑制細菌DNA旋轉酶的活性，阻礙細菌DNA複製。這些藥物需嚴格按照醫生的囑咐使用。
2. 一般治療：對於非淋菌性尿道炎患者，一般治療有助於緩解症狀和促進恢復。患者要注意休息，避免過度勞累，因為勞累會使身體免疫力下降，不利於病情恢復。同時要多喝水，增加尿量，通過尿液衝刷尿道，可減少病原體在尿道內的停留，減輕炎症。還要避免性生活，防止交叉感染，將疾病傳染給性伴侶。
3. 局部治療：局部治療可直接作用於病變部位，對非淋菌性尿道炎有一定療效。比如採用尿道擴張術，適用於尿道狹窄或梗阻的患者，通過擴張尿道，改善尿液排出情況，減少病原體滋生環境。尿道內灌注藥物，可使藥物直接接觸尿道黏膜，起到消炎殺菌作用，減輕局部炎症反應。
4. 中醫治療：中醫治療非淋菌性尿道炎從整體出發，調整人體陰陽平衡。一些中藥具有清熱解毒、利濕通淋等功效，能幫助患者緩解症狀，提高身體抵抗力。例如八正散加減，方中瞿麥、萹蓄、車前子等藥物可清熱利濕通淋；小薊飲子，能涼血止血、利水通淋。通過辨證論治，為患者開具合適的中藥方劑。
5. 手術治療：手術治療一般用於非淋菌性尿道炎引發嚴重併發症的情況，如尿道狹窄嚴重影響排尿功能等。通過手術解除尿道狹窄，恢復尿道的正常結構和功能，從而改善患者的排尿情況，減少因尿道狹窄導致的病原體殘留和炎症反復。
治療期間要嚴格按照醫生要求用藥，不能自行增減藥量或停藥。保持良好的生活習慣，注意個人衛生，勤換內褲。治療後要按時復查，以便醫生及時瞭解病情恢復情況，調整治療方案。
