當懷疑有先天性巨結腸時，需要進行一系列的檢查以確診，包括腹部立位平片、鋇劑灌腸檢查、直腸肛管測壓、直腸活檢等。
1.腹部立位平片：通過腹部立位平片可以觀察腸道的大致形態和氣體分布情況，先天性巨結腸患者由於病變腸段神經節細胞缺如，導致該段腸管持續痙攣，糞便和氣體在近端腸管積聚，在平片上可以看到擴張的腸管及液平面。一般會顯示低位腸梗阻的徵象，如腸管擴張，以結腸為主，尤其是乙狀結腸和直腸交界處以上的結腸擴張明顯，並且在擴張腸管和塌陷腸管之間可能存在一個明顯的過渡區，這對先天性巨結腸的診斷有一定的提示意義。
2.鋇劑灌腸檢查：鋇劑灌腸是診斷先天性巨結腸的重要方法之一，將鋇劑通過肛管緩慢注入直腸和結腸，然後在X線下觀察鋇劑在腸道內的充盈、分布和排出情況。由於病變腸段不能正常鬆弛，鋇劑在通過痙攣段時會出現通過延遲、狹窄等表現，而近端擴張腸段則可以清楚地顯示出來。
3.直腸肛管測壓：通過將帶有壓力傳感器的導管插入直腸和肛管，測量直腸和肛管內的靜止壓力以及在直腸內氣囊充氣後的反射性壓力變化。正常情況下，當直腸受到膨脹刺激時，內括約肌會反射性鬆弛，肛管壓力下降，稱為直腸肛管反射。而在先天性巨結腸患者中，由於病變腸段缺乏神經節細胞，這種反射消失或減弱。
4.直腸活檢：主要是獲取直腸黏膜或全層腸壁組織進行病理檢查，以確定腸壁內是否存在神經節細胞。這是診斷先天性巨結腸的金標準。先天性巨結腸的基本病理改變是病變腸段神經節細胞缺如或減少。
上述檢查的目的是為了明確診斷，判斷是否存在先天性巨結腸，並排除其他可能的疾病。通過綜合分析病史、體格檢查和各項檢查結果，醫生可以做出準確的診斷，並制定相應的治療方案。
