枕骨大孔疝可能會引起腦脊液循環受阻、腦幹受壓損傷、小腦功能紊亂、顱內血管受壓、腦疝擴大連鎖反應等病理變化。如果有頭痛、嘔吐、頸部強直、呼吸不規則、意識障礙等症狀時，需即刻就醫。
1.腦脊液循環受阻：枕骨大孔疝致小腦扁桃體嵌入枕骨大孔，壓迫第四腦室出口，阻礙腦脊液從腦室系統經第四腦室、正中孔與外側孔流入蛛網膜下腔，致腦室腦脊液積聚成腦積水，使顱內壓更高，加重腦組織壓迫。
2.腦幹受壓損傷：枕骨大孔疝壓迫腦幹，呼吸中樞受累致呼吸節律與頻率異常甚至驟停；心血管中樞受壓使血壓波動劇烈；腦幹傳導束受壓引發肢體感覺運動障礙，如麻木、無力。
3.小腦功能紊亂：枕骨大孔疝使小腦受壓牽拉，致平衡失調，如站立不穩、行走搖晃，協調運動能力降低，手部動作笨拙、失准。
4.顱內血管受壓：疝出部分壓迫顱內血管，致局部腦組織灌注不足，引發腦缺血缺氧與損傷，還會導致系列神經功能障礙，加重病情。
5.腦疝擴大連鎖反應：枕骨大孔疝致顱內壓升，致其他腦組織移位，可能引發小腦幕切跡疝等，相互影響成惡性循環，使病情複雜危重。
患者日常應避免劇烈運動與頭部急驟動作，防顱內壓驟升。保持大便通暢，勿用力排便以減誘發因素。另外，需要定期神經系統檢查，留意身體變化。
