直腸炎在多數情況下可以治癒，但有些情況可能較難治癒。如果是感染等引起的急性直腸炎，一般可以治癒。如果為慢性直腸炎，尤其是病因複雜的，一般不可以治癒。
對於由細菌、病毒、寄生蟲等感染引起的急性直腸炎，通過針對性的抗感染治療，如使用抗生素細菌感染時、抗病毒藥物或驅蟲藥，結合調整飲食、保持肛周清潔等措施，一般可以在較短時間內治癒，直腸黏膜能夠恢復正常。
慢性直腸炎，如由自身免疫性疾病、長期的炎症性腸病如潰瘍性結腸炎累及直腸等原因引起的，由於病因難以完全去除，直腸黏膜長期處於炎症狀態，治療過程比較複雜。可能需要長期使用藥物，如免疫抑制劑、氨基水楊酸制劑等，而且容易復發。
如果出現直腸炎症狀，如直腸部位疼痛、腹瀉、便血等，要及時就醫。醫生會通過直腸指檢、結腸鏡檢查等方法明確病因。在治療過程中，要嚴格按照醫囑用藥，注意飲食衛生，保持良好的生活習慣。對於慢性直腸炎患者，要定期復診，觀察病情變化。
