先天性巨結腸的輔助檢查主要有鋇劑灌腸檢查、直腸肛管測壓、直腸黏膜活檢、腹部立位平片、組織化學檢查等。
1. 鋇劑灌腸檢查：通過肛門插入肛管，注入適量鋇劑後進行X線檢查。可顯示病變腸段持續痙攣，糞便淤滯於近端結腸，使該段腸管肥厚、擴張。對診斷先天性巨結腸有重要意義，還能瞭解病變範圍和程度。
2. 直腸肛管測壓：將測壓導管插入直腸和肛管，測定直腸和肛管內壓力變化。正常情況下，直腸內壓力升高時，肛管內壓力也會相應升高，而先天性巨結腸患兒則缺乏這種正常的反射，有助於診斷。
3. 直腸黏膜活檢：在直腸黏膜取組織進行病理檢查。可見神經節細胞缺如或發育不良等病理改變，是確診先天性巨結腸的重要依據之一。
4. 腹部立位平片：可觀察腸道內氣體分布情況。先天性巨結腸患兒常表現為低位腸梗阻徵象，可見擴張的結腸及液平面，對初步判斷病情有一定幫助。
5. 組織化學檢查：利用特殊的化學染色方法，檢測病變組織中某些酶的活性等。對診斷先天性巨結腸有一定輔助作用，尤其在鑒別診斷方面有價值。
在進行這些檢查時，應根據患兒的具體情況，由專業醫生選擇合適的檢查方法。檢查過程中要密切觀察患兒的反應，確保檢查安全。若檢查結果異常，需進一步綜合分析，明確診斷後制定合理的治療方案。
