一般來說，扎那米韋的副作用比奧司他韋小。
扎那米韋是一種神經氨酸酶抑制劑，通過抑制甲型和乙型流感病毒的神經氨酸酶活性，抑制流感病毒感染和複製，阻止病毒從被感染的細胞中釋放，從而減少了流感病毒的播散。主要經呼吸道給藥，局部作用於呼吸道，進入血液循環的量很少，所以全身性不良反應相對較少，常見的副作用主要是輕度的呼吸道刺激症狀，如咳嗽、鼻部不適等。
奧司他韋同樣作為神經氨酸酶抑制劑，能抑制流感病毒的複製和傳播。但口服給藥，經胃腸道吸收後在體內分布較廣，可能會引起更多的全身性不良反應。比如，部分患者服用後可能出現惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道反應，還可能有頭痛、頭暈、乏力等症狀，兒童使用時嘔吐等胃腸道反應可能更為明顯。
在使用抗流感病毒藥物時，應根據自身實際情況，在醫生的指導下合理選擇。如果對某種藥物成分過敏或者有特殊的健康狀況，要及時告知醫生，以便確定最適合的治療方案。
