先天性巨結腸的治療措施有保守治療、手術治療、腸造瘻術、洗腸治療、藥物治療等。
1. 保守治療：對於診斷未完全明確或全身情況較差暫不宜手術者，可採用保守治療。主要包括用生理鹽水反復洗腸，以解除糞便淤積，使患兒能夠維持正常排便，改善腹脹等症狀，同時注意營養支持，保證患兒生長髮育所需。
2. 手術治療：是先天性巨結腸的主要治療方法。常見的手術方式有病變腸段切除、拖出型直腸乙狀結腸切除術等。手術的目的是切除無神經節細胞的病變腸段，解除功能性腸梗阻。手術時機一般根據患兒的具體情況而定，如全身狀況、病變嚴重程度等。
3. 腸造瘻術：適用於某些病情嚴重、合併嚴重感染或全身情況差不能耐受根治手術的患兒。通過在病變腸段近端造瘻，使糞便排出體外，緩解腹脹等症狀，待患兒情況改善後再行二期根治手術。
4. 洗腸治療：這是一種重要的輔助治療方法。通過洗腸可以清除結腸內的積糞和氣體，減輕腹脹，改善腸道功能。洗腸時要注意操作輕柔，避免損傷腸黏膜，同時要根據患兒的耐受程度控制洗腸液的量和壓力。
5. 藥物治療：可使用一些藥物來緩解症狀，如緩瀉劑等，幫助患兒排便。但藥物治療一般只能起到暫時緩解症狀的作用，不能從根本上解決問題。
患兒在治療過程中，要密切觀察病情變化，合理餵養，保持營養均衡。根據醫生的建議定期復查，如有異常及時調整治療方案，以促進患兒的康復。
