炭疽需要與皮膚感染、肺炎、腦膜炎等疾病進行鑒別。
1. 皮膚感染：炭疽的皮膚病變與一些普通皮膚感染有相似之處。炭疽的皮膚炭疽初期為斑疹或丘疹，隨後可發展為水皰、潰瘍，形成特徵性的黑色焦痂。而普通皮膚感染如癤、癰等，多由金黃色葡萄球菌等常見細菌引起，一般表現為局部紅腫、熱痛，形成的膿皰破潰後無黑色焦痂形成，且全身症狀相對較輕，較少出現高熱、寒戰等嚴重的全身中毒症狀。
2. 肺炎：肺炭疽與普通肺炎在臨床表現上有一定重疊。肺炭疽起病急驟，患者有高熱、呼吸困難、胸痛等症狀，胸部X線可見縱隔增寬、胸腔積液等。普通肺炎多由肺炎鏈球菌、支原體等引起，咳嗽、咳痰症狀相對較明顯，一般無炭疽特有的血性痰，胸部影像學表現多為肺部炎性浸潤影，縱隔增寬等表現少見。
3. 腦膜炎：炭疽引起的腦膜炎與其他原因導致的腦膜炎也需鑒別。炭疽腦膜炎多繼發於皮膚炭疽或肺炭疽，病情凶險，除有頭痛、嘔吐、頸項強直等腦膜刺激徵外，腦脊液可呈血性。而其他常見的病毒性腦膜炎、化膿性腦膜炎等，腦脊液改變各有特點，如病毒性腦膜炎腦脊液細胞數輕度增多，以淋巴細胞為主；化膿性腦膜炎腦脊液外觀渾濁，白細胞數顯著增多，以中性粒細胞為主。
在診斷過程中，醫生會綜合患者的病史、臨床表現、實驗室檢查等多方面因素進行判斷。若懷疑炭疽，應及時告知醫生相關的職業暴露史、動物接觸史等，以便準確診斷和治療。
