通常來說，做過卵巢囊腫手術不一定會影響懷孕。
卵巢囊腫手術對懷孕的影響主要取決於多種因素。從原理上看，卵巢是女性重要的生殖器官，主要功能是產生卵子和分泌女性激素。如果卵巢囊腫手術過程中，只是將囊腫完整剝除，盡量保留了正常的卵巢組織，沒有損傷到卵巢的皮質和髓質，卵巢的功能通常可以得到較好的保留，依然能夠正常排卵和分泌激素，也就不會對懷孕造成明顯影響。比如一些良性的卵巢囊腫，如卵巢巧克力囊腫、卵巢漿液性囊腺瘤等，在手術時若能精准操作，保護好卵巢組織，術後患者仍有自然受孕的可能。
若囊腫較大，與周圍組織粘連嚴重，手術過程中可能會不可避免地切除部分卵巢組織，或者損傷到卵巢的血液供應，這就可能會影響卵巢的功能。卵巢功能受損後，排卵可能會受到影響，激素分泌也可能出現紊亂，從而降低受孕的幾率。例如，一些卵巢囊腫患者由於病情複雜，手術切除了較多的卵巢組織，術後可能出現卵巢儲備功能下降，表現為月經不調、排卵異常等，進而影響懷孕。
在術後，應定期進行婦科檢查和激素水平監測，瞭解卵巢功能的恢復情況。保持健康的生活方式，如均衡飲食、適量運動、規律作息等，有助於身體的恢復和備孕。
