一般情況下，HPV疫苗不會有後遺症。
HPV疫苗是一種預防性疫苗，其原理是通過向人體引入特定的人乳頭瘤病毒HPV蛋白成分，刺激人體免疫系統產生針對HPV的抗體。當人體真正接觸到相應類型的HPV病毒時，免疫系統能夠迅速識別並清除病毒，從而有效預防由HPV感染引起的相關疾病，如宮頸癌、肛門癌等。
對人體有益的情況是多方面的。從疾病預防角度看，接種HPV疫苗能顯著降低感染高危型HPV的風險，進而減少宮頸癌等惡性腫瘤的發病幾率。對於年輕女性而言，在尚未開始性生活或初次性生活不久時接種，效果更為理想，因為此時感染HPV的可能性相對較低，疫苗能更好地發揮預防作用。對於男性來說，接種HPV疫苗也有助於預防肛門癌、陰莖癌等疾病，同時還能降低將HPV病毒傳播給性伴侶的風險。
從安全性方面來看，HPV疫苗在研發和上市前都經過了嚴格的臨床試驗和審批程序。大量的研究數據表明，疫苗的安全性是有保障的。接種後可能會出現一些輕微的不良反應，如注射部位疼痛、紅腫、發熱、頭痛等，但這些反應通常是短暫的，會在幾天內自行消失，不屬於後遺症範疇。
接種前應向醫生如實告知自己的健康狀況和過敏史；接種後需在接種地點觀察一段時間，確認無不適後再離開。
