一般情況下，長期服用質子泵抑制劑可能有害。
質子泵抑制劑的作用原理是通過抑制胃壁細胞上的質子泵，即H⁺-K⁺-ATP酶，從而阻斷胃酸的分泌。在很多情況下，能發揮積極作用。比如對於患有胃食管反流病、消化性潰瘍等疾病的患者，質子泵抑制劑可以有效減少胃酸分泌，緩解胃酸對食管、胃黏膜的刺激和損傷，促進潰瘍的愈合，減輕燒心、反酸等不適症狀，提高患者的生活質量。對於一些需要長期使用非甾體抗炎藥的患者，同時服用質子泵抑制劑還能預防胃腸道的不良反應。
長期服用也存在一些潛在危害。一方面，長期抑制胃酸分泌可能會影響人體對某些營養物質的吸收，如鈣、鐵、維生素B₁₂等。胃酸在食物消化過程中起著重要作用，能幫助分解食物，促進營養物質的釋放和吸收。長期使用質子泵抑制劑導致胃酸減少，可能會使這些營養物質的吸收受到影響，增加骨質酥鬆、貧血等疾病的發生風險。另一方面，長期使用還可能增加腸道感染的風險，因為胃酸具有一定的殺菌作用，胃酸分泌減少後，腸道內的細菌的平衡可能會被打破，一些有害菌容易滋生。
在使用質子泵抑制劑時，應嚴格遵循醫生的建議，根據病情合理用藥，避免自行長期、大量服用。用藥期間，可適當補充可能缺乏的營養物質，定期進行相關檢查，關注身體狀況。
