預防小兒皰疹性咽峽炎要求孩子在平時要多注意個人的衛生情況，在飯前和便後要認真的洗手。小孩的玩具和貼身的物品要定期的消毒，不要與他人共用私人物品，孩子在打噴嚏的時候要捂住口鼻，這樣才能夠防止交叉感染，在流感流行的期間要少去公共場合，注意兒童的口腔衛生，家長要定期幫助孩子清理口腔。
要想更好的預防小兒皰疹性咽峽炎還需要明確這個疾病的相關情況，醫學上認為小兒皰疹性咽峽炎主要是由於柯薩奇A組病毒的感染而引起的，小兒皰疹性咽峽炎的發病十分突然，大多數患者在發病後會出現厭食、煩躁不安、體溫升高、咽喉腫痛和惡心嘔吐等症狀，由於小兒皰疹性咽峽炎患者的年齡比較小，有些患者會因為有不適的情況而哭鬧不止，這對患者的成長髮育影響也是很大的。
預防小兒皰疹性咽峽炎還需要定時的開窗通風加強空氣的流通，平時讓孩子多進行戶外的體育鍛鍊，這樣才能夠增強身體的抵抗能力，多誇獎孩子，避免其出現自卑和緊張的情緒。建立正確的飲食習慣，多吃富含豐富微量元素、鈣元素和蛋白質的食物，吃飯的時候要細嚼慢嚥，一日三餐要按時吃，不要吃油膩和辛辣的食物，少吃零食，少喝飲料，多喝溫水。
當發現患有了小兒皰疹性咽峽炎後就需要重視起來，患病要及時到醫院進行身體檢查。目前檢查小兒皰疹性咽峽炎最常見的方法是外周血白細胞計數檢查，診斷該疾病需要與手足口病和皰疹性口腔炎等疾病相鑒別。治療小兒皰疹性咽峽炎通常採取對症治療和抗感染治療，選擇治療方法需要聽從醫生的意見。
