胃腸間質瘤患者用藥期間耐藥，可能是藥物在體內運輸過程受損、細胞內藥物濃度降低、激素影響等原因引起的，可通過加大藥物劑量、更換其他藥物、參加臨床試驗緩解。如藥物治療效果不明確，可選擇其他方式治療，例如放療、手術治療等。建議及時就醫檢查，明確病因後，進行針對性治療。
1.加大藥物劑量：胃腸間質瘤患者在對某種藥物耐藥的情況下可在醫生指導下加大藥物劑量，縮短用量週期，直至病情控制為止。
2.更換其他藥物：對某種藥物耐藥，也可更換同等效果的藥物治療。目前可用於胃腸間質瘤的藥物有很多，如蘋果酸舒尼替尼膠囊、瑞戈非尼片、甲磺酸伊馬替尼片、甲磺酸阿帕替尼片等，應結合自身情況以及對藥物的敏感程度合理選擇。
3.參加臨床試驗：胃間質瘤患者發生耐藥後，可選擇參加臨床試驗，以獲得合適的治療機會。也可通過嘗試一些新型的治療方法或新型的藥物進行臨床研究。
4.放療：如果更換藥物後耐藥的情況仍未緩解或療效不佳，可採取放療抑制癌細胞，縮小腫瘤，主要是利用射線照射病灶達到治療目的，目前包括局部放療、全身放療。
5.手術治療：一般建議早期胃腸間質瘤及時行根治術將腫瘤完整切除，如發展到中期或者晚期，只能行姑息性手術延長患者生存期，改善生活質量，包括近端胃切除、遠端胃切除、全胃切除等。
需要注意，針對不同的情況需採取不同的治療。同時也要保持良好的心態，避免過度焦慮、緊張等。治療期間也要注意休息，避免過度勞累。
