男女的肛門結構基本上是相同的。它們都由肛門括約肌、肛門管和肛周皮膚等部分組成。
肛門括約肌分為內括約肌和外括約肌，內括約肌是平滑肌，受自主神經調節；外括約肌是骨骼肌，受意識控制。肛門管位於內外括約肌之間，延伸至肛周皮膚。肛門管內被黏膜覆蓋，其中包括肛竇和肛腺，肛腺分泌黏液，有助於排便。
男性和女性的生殖器官不同，肛門前面所對應的部位也不一樣。男性肛門前面是前列腺，而女性肛門前面則是陰道。這些差異主要與各自的生理功能相關，並不直接影響肛門的基本構造。
在一些細節上，比如直腸長度，可能有性別差異。一般來說，女性的直腸長度較短，約為12-16cm，相較於男性的25-30cm。這種差異可能導致女性的直腸較為敏感，也更容易受到刺激或疼痛。
雖然存在一些性別相關的解剖學差異，但就肛門本身而言，其基本結構在男性和女性中是相似的。
