臨床上並沒有艾灸甚麼時間做效果最好的說法。一般情況下，上午做效果相對較好。
艾灸通常需要選擇陽氣較旺的時間段，而人體的陽氣在清晨會逐漸生發，整個上午陽氣都是較為充足的，中午更好，下午時陽氣會逐漸減弱，並伴有陰氣增長。此時艾灸不僅起不到良好的效果，有可能還會損傷人體陰氣，造成陰虛火旺。因此上午艾灸是比較好的。
通過艾灸可以達到溫陽散寒、活血化瘀、行經通絡、扶陽固脫的作用，一般用於改善痛經、經絡受阻、手足發冷等問題。但在改善病症的時候，應注意艾灸的時間控制，建議在15~20分鐘，不可時間過長，否則有可能造成津液虧損、化火生熱、氣血虧虛等問題。
建議在艾灸之前，仔細結合身體需求，找專業人士操作。艾灸後應注意身體保暖，及時擦除汗液，外出時注意增加衣物。還應避免洗澡，因為艾灸後毛孔會處於開放狀態，洗澡後有可能刺激毛囊，從而形成炎症。
