頭部精子畸形率高98%一般可以通過飲食調理、改善不良生活習慣、多運動、使用藥物、微創手術等方法進行治療，要根據患者的病情嚴重程度進行治療。
1.飲食調理：精子畸形率偏高可能與平時的飲食不合理有一定的關係，可以通過多吃蘋果、青菜、檸檬等綠色蔬菜水果進行改善，能夠為食品提供營養物質，同時也可以促進精子生成，對身體健康有好處。
2.改善不良生活習慣：在平時生活當中，長時間熬夜或者是喝酒，也會對精子造成一定影響，出現精子畸形率偏高現象，需要盡快戒除掉不良的生活習慣，要有充足的睡眠，還需要戒煙戒酒。
3.多運動：患者在日常生活當中也需要多進行一些有氧的運動鍛鍊，比如散步、跑步、游泳等，通過這些運動能夠提高身體的抗病能力，有利於提高精子質量。
4.使用藥物：如果是出現了炎症感染導致的精子的畸形率偏高，需要在醫生指導下使用抗生素藥物進行治療，比如鹽酸左氧氟沙星膠囊、頭孢克肟膠囊、羅紅霉素膠囊等，能夠起到消炎殺菌作用。
5.微創手術：如果是精索靜脈曲張引起了精子畸形率嚴重偏高，需要盡快去醫院通過精索靜脈曲張高位結扎術治療。
患者在治療疾病過程當中需要定期去醫院進行各項檢查，可以瞭解病情的恢復情況，及時調整治療方案，在平時生活當中也需要注意規律的生活習慣，盡量不要讓身體過度的勞累。另外也需要保持積極樂觀的心態，盡量不要讓情緒過度的焦慮和抑鬱，否則會影響到新陳代謝，甚至也會對精子生成造成嚴重的影響，不利於病情恢復。
