骶管囊腫術後兩年了還疼可能是術後神經粘連、病情復發、腰肌勞損、骨質酥鬆、腰椎間盤突出症等原因導致的，可選擇一般治療、藥物治療、手術治療等方式。
1.術後神經粘連：手術過程中對周圍神經組織造成損傷後，術後發生神經粘連，就會出現功能失常，伴隨疼痛、僵硬等症狀，可到醫院進行手術治療。
2.病情復發：骶管囊腫術後再次受到外傷或者誘因未去除，繼續壓迫周圍神經後就會導致病情復發，患者可選擇單純囊腫穿刺抽吸術或切除術進行治療。
3.腰肌勞損：腰部軟組織在勞損部位形成炎症性改變，導致臀上部、腰以下單側或雙側疼痛，患者可遵醫囑使用對乙酰氨基酚片、布洛芬緩釋膠囊等藥物緩解。
4.骨質酥鬆：骨量降低、骨組織微結構破壞為特徵的全身性骨骼疾病，表現為腰部或腿部疼痛，患者可遵醫囑使用維生素D滴劑、鮭魚降鈣素注射液等藥物進行治療。
5.腰椎間盤突出症：椎間盤各部分發生結構改變，纖維環後凸或斷裂，壓迫腰椎神經後引起腰部疼痛、下肢放射痛、下肢麻木等不適，患者可遵醫囑使用塞來昔布膠囊、雙氯芬酸鈉緩釋片等藥物。
平時應養成健康的生活習慣，遠離香煙，限制飲酒，適度參與體育鍛鍊，規律作息，每天早睡早起，保證充足的休息時間。
