皰疹性咽峽炎不是手足口病，臨床需要針對兩種疾病進行區分。
皰疹性咽峽炎通常是單純皰疹病毒感染導致，屬於急性上呼吸道感染性疾病，病毒在侵入上呼吸道黏膜後，可引起口腔咽峽部發生皰疹，多數伴有劇烈的疼痛感，皰疹在1-2天可發生破潰，在局部形成潰瘍。而手足口病是由腸道病毒感染引起的急性發熱出疹性傳染病，該病情雖然也可引起皰疹，但是主要發病部位在手、足以及口腔部位，並且症狀相對較輕。由於兩種疾病的臨床表現以及感染病毒存在差異性，因此屬於兩種不同的疾病。
皰疹性咽峽炎和手足口病雖然不是同一種疾病，但是都屬於病毒感染，兩種疾病都可遵醫囑使用抗病毒藥物治療病情，比如利巴韋林顆粒、更昔洛韋片等。此外，都可能會引起發熱，使用退燒藥物，臨床常用的藥物有布洛芬緩釋片、對乙酰氨基酚片等。若皰疹性咽峽炎患者發病期間，咽部疼痛感較為明顯，可在醫生指導下使用西地碘含片或冰硼散等藥物緩解咽部疼痛。而手足口病發病期間，可遵醫囑使用爐甘石洗劑塗抹於皰疹部位，皰疹破損後可塗抹紅霉素軟膏、夫西地酸鈉軟膏等抗生素類藥物，預防和治療細菌感染。
患者還需要注意個人衛生，避免和他人進行接觸，保持飲食清淡，定期對生活環境進行消毒，預防病情發生傳播。同時在患病期間內，皮疹部位可能會引起瘙癢、疼痛等異常感，患者一定不可以進行抓撓，以免引起皰疹破裂，引起繼發性感染，同時也可預防瘢痕的形成。
