瓜蔞子的副作用通常不是傷肝，但部分人食用瓜蔞子可能會引起胃腸不適。
瓜蔞子只是一種普通的食物，不具備任何特殊功效，適當進食一般不會威脅身體健康，且不易引起副作用，故食用瓜蔞子通常是不會傷肝的。而且適當進食對身體還有一定好處，能補充人體所需的鈣、碳水化合物、多種維生素、鈉等，可輔助增強免疫。
不過瓜蔞子雖好，也不能多吃，如大量食用，可能會增加胃腸道負擔，因此引起腹脹、惡心、嘔吐、腹瀉等症狀。另外對瓜蔞子過敏，進食後還可能會引起超敏反應，從而導致皮膚瘙癢、起皮疹、發紅等，故並非每個人都可食用。
正常吃瓜蔞子影響不大，如果本身對瓜蔞子過敏，不建議食用。若食用後有任何不適，建議及時就醫，並由醫生分析原因以及病情再選擇合適的治療方式。對於有基礎性疾病的患者，在選擇食用瓜蔞子前也要嚴格咨詢醫生，避免擅自進食引起不適或加重病情。
