直腸內的尖銳濕疣通常不會自己脫落，可以通過藥物治療、CO2激光治療、微波治療等方式緩解。
1.藥物治療：如果異物感、灼痛、刺癢等症狀明顯時，可以在專業醫生的指導下使用藥物治療，臨床常用藥物有0.15%鬼臼毒素乳膏、5%咪喹莫特乳膏等，妊娠患者不宜應用，其他特殊人群謹慎用藥。
2.CO2激光治療：發病早期，疣體較小的時候還可以通過此種方式治療，主要是通過局灶性的光熱作用，來清除疣體，有著對皮膚損傷小、恢復快的特點，但是一定要到正規機構操作。
3.微波治療：這種方式主要是通過振動中產生的熱效應和非熱效應，來凝固疣體組織，並達到使其脫落的效果，具有無刺激性氣味、止血效果好等特點。
除了以上幾種常見的治療方式外，這種現象還可以通過光動力治療、電灼治療、剪切術、刮除術等方式治療。治療期間如出現灼燒感、疼痛等不良反應，要盡快就醫復診，以免影響病情恢復。
