艾滋病阻斷藥一般不會影響到窗口期，而阻斷藥能夠阻斷病毒的複製過程，達到清除病毒的作用。
艾滋病屬於慢性而且致命的傳染性疾病，多因為感染艾滋病病毒而發病，其危害性非常嚴重。而窗口期指的是病毒進入到人體，但血液當中沒有形成足夠量的抗體，採用一般檢查方法無法檢測到艾滋病病毒抗體的時間段，一般在兩到三周左右。阻斷藥能夠通過阻斷病毒複製的過程，可有效清除病毒。但阻斷藥只能消滅進入到身體內部的免疫缺陷病毒，一旦免疫成功，病毒不會釋放抗原，更不會產生抗體。
另外阻斷藥物在阻斷時失敗，體內的病毒將會釋放出抗原或是產生抗體，在相應時間段能夠檢測到異常的指標，不會因阻斷藥的使用促使窗口期延長，更不會超過正常的檢測時間段。
