顱底凹陷症在初期時，可引起頸神經根受損症狀、後組顱神經損害症狀、上段延髓及延髓損害症狀、小腦損害症狀等。
1.頸神經根損害症狀：當壓迫和損害頸神經時，可導致神經支配區域內出現異常，例如頸肩部位疼痛、上肢麻木、上肢無力、肌肉萎縮、感覺減退、活動受限等。
2.後組顱神經損害症狀：顱底凹陷症可使後組顱神經損傷，可引起相應症狀，表現為飲水嗆咳、聽力下降、面部感覺減退等。
3.上段延髓及延髓損害症狀：由於對脊髓造成損傷，可引起四肢輕癱、吞咽困難，呼吸困難，將會嚴重降低生活質量。
4.小腦損害症狀：影響到小腦時，可引起共濟失調，表現為站立不穩以及行走不穩，走路歪斜，甚至會摔倒。
此外，顱底凹陷症還可引起顱內壓增高症狀、椎-基底動脈供血不足症狀，確診為顱底凹陷症以後，一定要盡早進行治療，控制病情發展，避免引起其他嚴重併發症。
