舌下腺囊腫好發於舌尖腹側小黏液腺以及舌下腺部位，其危害性較為嚴重，發病後需及時就醫治療，而口服用藥無明顯療效，一般以手術治療為主，可採用舌下腺摘除術及袋形縫合術等方法治療，必要時配合藥物腔內注射治療。
舌下腺摘除術可應用於所有類型的舌下腺囊腫患者，如已經擴展到下頜下或是頦下部位時，需經口腔內作舌下腺摘除術治療，將殘餘的液體抽空，之後再加壓包扎一到兩周時間。針對全身情況無法耐受舌下腺切除手術的患者，可以考慮袋形縫合術治療，手術時需要切除覆蓋囊腫的部分黏膜以及囊壁，再將液體放盡，之後填入碘仿紗條，待全身情況好轉之後再考慮舌下腺切除手術。
此外可配合藥物腔內注射治療，比如碘酊，能夠破壞上皮細胞，使其失去分泌功能，從而避免了囊腫的再次形成。也可採用魚肝油酸鈉注射液治療，這是一種血管硬化劑，用藥後可以直接破壞舌下腺囊壁細胞，使其纖維化，達到不錯的治療效果。
舌下腺囊腫患者需注意口腔內部的衛生，安排好日常飲食，宜進食溫熱的食物，切記不宜進食葷腥食物，以免加重疼痛表現。
