舌下腺囊腫以手術治療為主，大多數患者需進行手術治療，如患者無法耐受手術或是存在有心理障礙可考慮保守方法治療。
對於囊腫較大的舌下腺囊腫患者，在身體條件允許的情況下，可採用手術方法治療，臨床上常用的手術方法有舌下腺切除術、袋形縫合術，通過手術才能清除舌下區無痛性的腫物。患者在術後需減少舌部的活動，注意採用柔軟的牙刷進行刷牙，同時做到飯後漱口。如口腔內部的傷口發生感染，應當給予針對性的處理。
除了手術治療之外，還要配合相應的保守療法，能夠促使囊腫減小及消失，從而改善患者的症狀，有助於正常咀嚼、言語以及呼吸功能的恢復。治療時需要將藥物在口腔內注射使用，常用藥物有碘酊、鹽酸平陽霉素注射液、魚肝油酸鈉注射液等，合理用藥可促使局部組織纖維化，達到不錯的治療效果。
舌下腺囊腫患者在恢復期間，應當留意傷口出血及水腫等情況，及時清除口腔內部的分泌物。與此同時均衡日常飲食，一般以柔軟及細碎的食物為主，比如軟飯、粥、軟饅頭等都是不錯的。
