扁桃體反復發炎，久治不愈，可能會引起其他扁桃體疾病、某些咽喉、心臟疾病以及腎臟疾病等，增加治療難度。
1.其他扁桃體疾病：扁桃體長期受到慢性炎症刺激會產生一些炎性分泌物，炎性分泌物積聚過多在隱窩可引起扁桃體結石、扁桃體囊腫等。少部分病情較為嚴重者，因為扁桃體炎反復發作，還會引起扁桃體乳頭狀瘤。
2.某些咽喉疾病：扁桃體反復發炎和某些微生物感染有關，且與咽喉部相離，因此未及時治療炎症長期存在，有可能會引起咽喉炎、會厭炎等咽喉疾病。
3.心臟疾病以及腎臟疾病：扁桃體反復發炎，一些細菌、病毒等致病菌活躍性增強，隱藏在扁桃體隱窩內，如果趁機進入扁桃體內小血管隨著全身血液流動，會沈積在心臟、腎臟等部位，患者自身免疫力過於低下或者是感冒時，很有可能會引發急性心肌炎、急性腎炎等心臟或腎臟疾病發作。
扁桃體發炎者發作次數頻繁，經常性感覺到咽喉有明顯的不適感，伴有分泌物增多等症狀，應及時到醫院做扁桃體切除術，避免炎症反復刺激而引起其他併發症。
