13歲兒童深覆合可採用正畸治療、修復治療、前牙區根尖截骨術以及日常護理等方法處理。
1.正畸治療
正畸治療是治療深覆合常用的治療方式，一般結合前後牙及牙槽的具體情況，壓低前牙及牙槽的高度，之後再打開咬合，積極糾正前牙軸傾斜，從而協調上下頜骨間的矢狀位置關係。在矯治完成之後，需佩戴一段時間的保持器，其目的是為了維持矯治效果。
2.修復治療
如兒童的後牙磨耗過多，則垂直高度明顯不足，其上下頜排列整齊之後覆合依舊很深，這種情況無法進行正畸矯正，此時可採用修復方法進行治療，必要時還要墊高後牙。
3.前牙區根尖截骨術
如兒童出現嚴重的骨性深覆合，可採用前牙區根尖截骨術治療。首先要採用正畸方法來矯正上下頜切牙長軸，之後再排齊上下頜牙列，最終矯治過長的上頜或者是下頜前牙。
4.日常護理
深覆合兒童在恢復期間需注意口腔衛生清潔，由於矯治器與牙齒間會殘留較多的食物殘渣，容易誘發口腔問題出現，對此可採用衝牙器、牙線及牙間刷等工具進行清潔。
