蛛網膜囊腫屬於先天性疾病，它的發病原因相對比較簡單，是由於發育期蛛網膜分裂異常所造成。由於這是一種良性病變，大多數時候表現並不明顯，所以不需要做過多治療，只有在囊腫增大的情況下，可考慮做切除手術。
一 、先天性發育異常
大多數蛛網膜囊腫都是先天因素所形成，但具體形成的原因目前並不是特別明確，可能是胚胎發育時蛛網膜出現了異常分裂。通常囊壁為腦膜上皮細胞，一旦囊腫和腦室、蛛網膜下腔不通，那麼將會大大提高發病率。此外蛛網膜囊腫發生後，常常會伴有局灶性血管缺失等其它類型的先天發育異常，需要引起重視。
二、感染因素
各種感染因素也會引發蛛網膜囊腫，當病毒、細菌等各種病原體侵入腦部，引發了腦炎和腦膜炎，蛛網膜會受到粘連，從而形成囊腫。這種情況常見於兒童，因為囊腫內部充滿積液，可導致腦積液循環通路受阻。
三、外傷因素
頭部受到外傷後，硬腦膜缺損會誘發創傷性的蛛網膜下腔出血和粘連，這個時候局部的蛛網膜移位到硬腦膜破口處，久而久之就會逐漸形成囊腫。
