包涵體性結膜炎以藥物治療為主，包括局部用藥、全身用藥和中醫治療。這種病主要通過性接觸或者產道傳播，患者在治療期間不得發生性行為，且不得與他人共用生活用品，不得去公共游泳池游泳，最好對個人用品進行徹底消毒。
1.局部用藥
患者發病時會出現結膜充血，結膜囊出現大量膿性分泌物，可用高錳酸鉀溶液、硼酸溶液等進行沖洗，使膿性分泌物減少。然後使用利福平或者磺醋酰鈉眼液進行局部治療，睡覺前可塗抹抗生素眼膏，以抑制沙眼衣原體。
2.全身治療
如果是成人患者，可服用強力霉素，孕婦患者可改用紅霉素。如果患者是過敏體質，用藥前最好做藥敏試驗。
3.中醫治療
在中醫上，該病可分為風熱雍盛和濕熱攻目兩大類型，分別採取祛風清熱、清熱祛濕的治療方法。如果是風熱雍盛型，患者可服用銀翹散，眼癢劇烈時可加入蟬蛻、刺蒺藜等。如果是濕熱攻目型，可服用除風清脾飲，膿性分泌物過多時可加入金銀花、蒲公英等。
