腦膿腫屬於顱內感染化膿性疾病，所以感染為主要致病因。通常當各種致病菌通過不同途徑進入到中樞神經系統時，就會破壞到正常的腦組織結構，形成膿腔，誘發炎症和水腫。由於該疾病病程凶險，不及時治療的話，感染會持續擴散，增加死亡率，故而應該引起重視。
據瞭解腦膿腫會通過血行傳播，簡單來講就是其它部位的感染灶產生了菌血症或膿毒血症，病原體會經血行傳播到大腦，形成腦膿腫或佔位效應。而且這類型的膿腫往往發生在腦白質或皮髓質的交界區，以多發性的膿腫最為常見。另外像肺膿腫、膿胸、膽道感染、牙周感染、細菌性心內膜炎等疾病，均屬於感染源，能夠形成膿性栓子。
鼻竇化膿性炎症會形成額葉膿腫，中耳發生感染則會造成顳葉和小腦膿腫，繼而向顱內擴散，所以耳源性和鼻源性的因素是誘發腦膿腫的主要病因。除此之外，顱腦開放性損傷，外傷性的腦積液鼻漏、耳漏，會使腦保護屏障受到破壞，為細菌入侵提供有利條件。
