上呼吸道感染和過敏性鼻炎的致病因素不同，上呼吸道感染症狀往往在接觸感染病毒後出現。而過敏性鼻炎是接觸到過敏原立即發作，比如每次打掃房間，灰塵一揚起就打噴嚏流鼻涕。
兩者症狀出現順序不同，上呼吸道感染的症狀通常是逐一出現，常以喉嚨痛開始，接著打噴嚏，後來才流鼻涕，較少出現眼睛及喉嚨發癢；而過敏性鼻炎的症狀，通常為突發打噴嚏，流清鼻涕，鼻子癢，鼻塞等等，避免過敏原後症狀即可緩解，且患者常有病史可循；
兩者查體都可見鼻粘膜充血水腫，有分泌物。但過敏性鼻炎，鼻分泌物塗片可見嗜酸性粒細胞增多，皮膚針刺過敏試驗可明確過敏原。
